Favio nació el 23 de enero de 1993 en Córdoba y transitó todo el proceso de divisiones inferiores en la Institución de barrio Jardín.

Debutó con la camiseta de Talleres en la Temporada 2010/2011. Con el conjunto Matador disputó 49 partidos y marcó 12 goles.

En el fútbol Argentino, el volante creativo vistió además la camiseta de Defensa y Justicia, Sarmiento y Atlético Tucumán.

En el 2019 fue transferido al fútbol extranjero para jugar la MLS en Los Angeles Galaxy. En Temporada 2019/2020 se convirtió en nuevo jugador del Club Universitario Nacional (Pumas UNAM), en la máxima categoría del fútbol mexicano. En el conjunto Auriazul, disputó 75 partidos en la liga local y 10 cotejos por Copas Internacionales.

Álvarez se suma al plantel superior de Talleres a préstamo sin cargo con opción hasta diciembre del 2023.